有机农产品国内外主要认证机构有中国的OFDC、美国的OCIA(国际有机作物改良协会)、荷兰的SKAL、德国的ECOCERT、BCS和GFRS、法国的IFOAM等。认证机构应具有充分的资源与技术能力以及完善的财务管理制度并且通过管理者及人员的培训和经历证明其技术能力。标准、检查与认证应覆盖产品和操作方的所有相关方面。 认证检查是由认证机构指派的检查员根据认证程序和认证标准对申请者的生产、加工和管理体系进行审查，收集有关信息、资料及证据，并将审查结果以检查报告的形式客观的反映给认证机构的行为。

认证机构不能提供有可能会影响其认证过程与决定的保密性、客观性或公正性的产品或服务。认证机构应确保其相关方的活动不会影响其认证活动的保密性、客观性与公正性。 每一个申请有机认证的产品，每生产一次都要检测一次。此外，新规的一大变化是“残留指标”是“无法检测的”，只能用“严格”来形容。 如今，有机食品认证的新标准非常严格。除了有机认证标签和认证单位，有机蔬菜的独立包装还需要一个由17位数字组成的有机编码，供消费者追溯来源，鉴别真伪。

认证机构与获证组织商定实施的新版认证标准和认证实施规则转换的检查可以结合监督、再认证或单独开展特殊检查等方式实施。标志中间类似种子图形代表生命萌发之际的勃勃生机，象征了有机产品是从种子开始的全过程认证，同时昭示出有机产品就如同刚刚萌生的种子，正在中国大地上茁壮成长。认证检查是由认证机构指派的检查员根据认证程序和认证标准对申请者的生产、加工和管理体系进行审查，收集有关信息、资料及证据，并将审查结果以检查报告的形式客观的反映给认证机构的行为。